Esta uma história de laços criados por feridas, onde meninos e meninas compartilham sua dor. A história se passa na fictícia Sugomori City, uma cidade futurista construída sobre uma terra recuperada. Agata Katsuhira é um estudante de ensino médio nesta cidade, ele é afligido por uma doença que entorpece seu sentido de dor. Um dia, logo antes das férias de verão, Katsuhira é abordado pela misteriosa Noriko Sonosaki. “Você foi selecionado para ser um Kiznaiver”, ela diz. Os Kiznaivers são aqueles que “compartilham sua dor” entre si; quando um Kiznaiver sente dor, o sistema divide em partes a ferida com os outros Kiznaivers. Seus companheiros Kiznaivers são colegas com personalidades completamente diferentes e interesses, são pessoas que não se entreolhariam em circunstâncias normais. Noriko lhes diz “Esta é uma experiência crucial para pôr fim a este mundo de conflitos e alcançar a paz” e, portanto, o grupo é forçado a enfrentar uma série de duras provações incomuns para alcançar seu objetivo.