Enquanto o mundo se encontra no meio de uma evolução industrial, surge um monstro que só pode ser derrotado caso seu coração, que é coberto por uma camada de ferro, seja perfurado – podendo infectar humanos com sua mordida, tal monstro é capaz de criar agressivas criaturas morto-vivas chamadas “Kabane”. Na ilha de Hinomoto, localizada no leste do país, os moradores construíram estações que servem de abrigos contra tal ameaça, e usam locomotivas blindadas, conhecidas pelo nome de Hayajiro, para se deslocar entre elas. Ikoma, um rapaz que mora na estação de Aragane e trabalha na construção dessas máquinas, cria uma arma chamada Tsuranukizutsu para enfrentar Kabanes. Certo dia, enquanto espera a oportunidade para usar essa arma, ele se encontra com uma misteriosa garota de nome desconhecido (no site oficial ela está como “Mumei”, que significa justamente uma pessoa sem nome, anônima) que por algum motivo é tratada de modo diferenciado pelos guardas e dispensada da inspeção obrigatória ao entrar na estação; após isso, durante a noite, Ikuma esbarra novamente nessa garota e descobre que uma locomotiva está fora de controle e toda sua tripulação foi transformada em Kabanes. Com a estação de Aragane sob ataque, surge a chance que Ikoma estava aguardando para agir.