Emiya Shirou é um estudante do colegial que vive na cidade de Fuyuki. Seus pais morreram quando ele tinha cinco anos de idade, depois foi adotado por um homem que se nomeava um mago, que também veio a falecer. O que Shirou não sabe, é que em Fuyuki é palco de uma grande guerra. De dez em dez anos, sete magos de todo mundo se juntam a seus servos – espíritos de heróis, invocados de outra era – e lutam em uma guerra pelo “Cálice Sagrado”, uma relíquia que garante grandes poderes ao seu dono. O verdadeiro nome dos seus serventes são sua fraqueza, então eles são chamados apenas pela classe a qual pertence; Archer (Arqueiro), Assassin (Assassino) e etc. Certo dia, Shirou se depara com Archer e Lancer lutando, e para preservar o segredo da guerra, Lancer mata Shirou. Tosaka Rin, mestre de Archer e estudante do mesmo colégio de Shirou, salva sua vida usando um pendante mágico. Shirou acorda e vai para casa, e Lancer o ataca de novo, quando ele está prestes a morrer, a servo Saber surge, e dirige as seguintes palavras à Shirou: “É você o meu mestre?” Esse é o prólogo deste anime, que começou a ser exibido em janeiro de 2006 no Japão, e promete muito.