NERV está sendo atacada por SEELE e Rei se torna um com Lillith. Juntamente com a lança de Longinus e a série EVA completa, Shinji vai decidir se a humanidade deixará de existir ou não. Ele tem que decidir agora se ele quer permanecer vivo ou morto, e essa decisão afetará toda a humanidade.Filme dividido em duas partes: “Air” (Primeira parte), “Magokoro wo, kimi ni” (Segunda parte).