Quando Yugi conseguiu montar o quebra-cabeça do Enigma do Milênio, ele libertou um antigo Faraó, mas uma coisa que ele nunca soube, é que ele libertou, juntamente, Anubis, o Deus Egípcio da Morte. Três anos depois, Seto Kaiba está procurando um meio de derrotar as cartas de Deuses Egípcios de Yugi. Então ele vai a ilha de Pegasus. Mas durante a noite, vemos uma estranha criatura colocar uma carta a mais no baralho de Pegasus. Então Kaiba derrota Pegasus em um duelo. Como Pegasus apostou uma carta que derrotaria os Deuses Egípcios, Kaiba a pega, mas acaba pegando, também, a carta que a estranha criatura colocou. Então Kaiba convida Yugi para um duelo. Ele acaba derrotando seus Deuses Egípcios, mas aprisiona os dois numa pirâmide azul gigante, a Pirâmide de Luz. Minutos antes disso, um museu que continha uma múmia e uma nova relíquia do milênio descoberta, foi roubado. Contudo o avô de Yugi lembra de uma profecia, que Anubis, o Deus Egípcio da Morte, tentou acabar com o mundo 5.000 anos atrás, e algum dia voltaria e tentaria novamente. E este dia, pode ser hoje.