O navio Arcádia começa a se mover por conta própria em direção a Terra, o que deixa a tripulação intrigada, mas isso não abala o destemido Harlock. Ao que parece, Arcádia queria Mayu a bordo. Depois desse pequeno evento, um sinal misterioso é captado por Kei, um sinal parecido com o sinal transmitido pela estrutura que o pai de Daiba pesquisava na Terra, só que esse novo sinal vem do fundo do oceano, uma parte conhecida como o “cemitério do oceano”, onde aparentemente não deveria existir vida. O que será que a tripulação do Arcádia descobrirá no fundo do oceano?