Yamato tentou deixar para trás a Grande Nuvem de Magalhães galáxia, depois de receber um “sistema reverso Cosmo” ao seu destino, Iscandar. No entanto, de repente, ele encontra um misterioso grupo à beira da Grande Nuvem de Magalhães. A tripulação descobre que o grupo é chamado de “Gatlantis”, e que seu líder é o comandante da força expedicionária Gutaba que se chama “Goran Dagaamu of Thunder.” As demandas comandante que Yamato ser entregue a ele. Yamato, querendo apressar para a Terra, escapa na briga. No entanto, Yamato é atacado por uma arma de feixe devastador chamado de “Chama Direct Attack Cannon”, que pode transcender o espaço. Yamato conseguiu escapar, mas acaba se perdendo, e encontra-se em uma outra dimensão, estranhamente colorido. A tripulação decide explorar o planeta misterioso. O que eles viram quando chegaram era um navio que não deveria estar lá. Dagaamu persegue os traços de urdidura de Yamato, e também atinge o espaço com cores estranhas. O planeta em que Yamato pousou era na verdade o que Dagaamu estava procurando o tempo todo