Kenshin se mete em uma briga de marinheiros para ajudar uma garota e conhece Shigure Takimi, e aqui tem início sua nova aventura. Kenshin e seus amigos tentam devolver a sanidade a um homem amargurado pela perda de um grande amigo, Gentatsu, que fora assassinado pelo lendário Hitokiri Battousai. Shigure só pensa em honrar os companheiros que morreram tentando derrubar o corrompido governo Meiji, e parece não se importar em sacrificar os jovens que o seguem.