The Sky Crawlers está situado em uma história alternativa em que, embora o mundo esteja em paz, a fim de aliviar a tensão de um povo acostumado à guerra e à agressão, corporações privadas contratam pilotos de caça para participarem de operações de combate real contra o outro. O anime apresenta um mistério que envolve personagens chamados Kildren, humanóides geneticamente projetado para viver eternamente na adolescência.