Continuação do primeiro filme, nesse, a personagem Asuka aparece com o seu Eva Unidade 02. Com algumas cenas diferentes do anime, o filme torna-se cada vez melhor e, também, com o surgimento de uma nova personagem chamada Mari. Outra escolhida para pilotar o Eva. Mari chega e para-quedas no telhado da escola de Shinji inesperadamente. E há também o mistério do Evangelion na Lua. Esse filme segue a história do anime em partes, mas esse filme teve muito mais mudanças na história do que no primeiro.