Shinji Ikari é um garoto normal de 14 anos que sempre morou com um de seus professores, um dia, seu pai resolve chamá-lo e então ele vai para Tokyo-3, onde seu pai trabalha. Ele iria se encontrar com Misato Katsuragi, que trabalha com seu pai. Mas antes de se encontrarem, um Angel aparece na cidade, e ele está bem no meio do campo de batalha, então, Misato o encontra e o salva, então, depois de fugirem, Misato o leva para a NERV e explica tudo o que ele precisa saber sobre o trabalho do pai dele e sobre a NERV. Shinji então fica sabendo que terá que pilotar um robô gigante, conhecido como Evangelion. Shinji hesita, mas acaba lutando. Após a luta, passa a morar com Misato. E então começam as aventuras de Shinji, conhece novas pessoas e etc. Esse filme segue a mesma história do anime, mas é todo reformulado com cenas diferente e tudo mais