A história de Ponyo é bem simples. Um menino chamado Sosuke vive com seus pais em uma casa que fica no alto de um rochedo na beira do mar. Seu pai é um pescador e está sempre velejando por dias e dias, sua mãe trabalha em um asilo e se esforça bastante para suprir a ausência do marido. Sosuke está no jardim de infância que fica ao lado do asilo onde sua mãe trabalha. Todos os dias eles vão até o asilo de carro, e o único caminho passa por uma pequena estrada cercada pelo oceano. Um certo dia, enquanto brincava no mar, Sosuke encontra um peixinho dourado preso em uma garrafa. Ele consegue libertar o peixe e ganha um corte no dedo. O que Sôsuke não sabia é que esse pequeno corte, juntamente com o seu mais novo animal de estimação, fosse mudar toda a sua vida.