Em uma sociedade futurista, uma garota de 15 anos, Rune Balot, é resgatada pela tecnologia proibida, depois de ser quase morta. Enquanto estava inconsciente, é perguntando a ela, se escolhe viver ou morrer, tendo ela escolhido viver, a lei especial Mardock Scramble 09 é acionada e ela retorna a vida. Transmutada num ser com capacidades sobre-humanas, Balot se torna agora, investigadora no caso do homem que tentou matá-la.