O Movie nos mostra três protagonistas, Hikaru Ichijo (piloto de hot-shot), a provocante pop-star Lynm Minmay e a primeira dama da Fortaleza, Misa Hayase. Esta historia é marcada por uma guerra entre humanóides aliens gigantes chamados Zentradi. A única defesa humana é a Fortaleza Espacial Macross, que comporta milhares de civis na Cidade de Macross. As organizações e os civis sabem que a terra foi atacada mas não sabem o que aconteceu aos humanos na terra. Contudo, é revelado que os machos Zentradi estão numa luta contra suas contraparte fêmeas: As Meltlandi; Ambos os gêneros, produzidos pela guerra, são eventualmente golpeados por seu contato com a cultura humana, particularmente pela musica e pelo amor. Do You Remember Love? começa com a SDF-Macross tentando esquivar-se dos Zentradi nas mediações do sistema solar. A fortaleza é habitada por milhões de civis que foram isolado da Terra. Durante seu último ataque, Ichijo Hikaru em seu Valkrie resgata Lynn Minmay. O destino deste encontro resultou num relacionamento entre a cantora e seu fã numero um. Os zentrade, que haviam descoberto que a música tinha um efeito sobre eles que era debilitante em suas tropas. Por isso eles capturam Lynn Minmay, Lynn Kaifun, Roy Fokker , Hikaru Ichijo e Hayase Misa. Durante um ataque das Meltrandi, Misa e Hikaru acidentalmente escapam e encontram um planeta totalmente desolado que parece com a terra. Os dois oficiais andam pelas paisagens destruidas da agora desolada Terra se tornam próximos. Eles descobrem a antiga cidade da protocultura onde o segredo das origens dos aliens gigantes é revelado. Quando as forças espaciais convergem para Macross, o conflito passa a ter como foco a destruição da raça humana, cuja a última esperança reside numa canção descoberta por Misa e cantada por Minmay.