Numa linha temporal alternativa, o Japão foi dividido depois de ter perdido a II Guerra Mundial: Hokkaido foi anexada pela “União”, enquanto que Honshu e outras ilhas meridionais ficavam sob a soberania dos EUA. Uma torre gigantesca mas misteriosa foi construída em Hokkaido, e podia ser vista claramente de Aomori (a província de Honshu mais a norte), para além do estreito de Tsugaru. No verão de 1996, três estudantes do 9º ano fizeram uma promessa de que um dia iriam construir um avião e desvendar o mistério da torre, mas esse projeto foi abandonado depois da garota, Sawatari Sayuri, ter começado a experienciar uma desordem do sono e ter sido transferida para Tóquio, para obter melhor tratamento. Três anos mais tarde, Hiroki Fujisawa descobriu, acidentalmente, que Sayuri tem estado em coma desde essa época, e pediu a Takuya Shirakawa para o ajudar a revivê-la. Aquilo que eles ainda não sabem é que a inconsciência de Sayuri está, de alguma forma, ligada com os segredos da torre e do próprio mundo.