Major Motoko é uma agente cibernética e líder da unidade do serviço secreto Esquadrão Shell. Formado pelo governo para combater a onda de crimes, o Esquadrão é informado de que um famoso criminoso, “expert” em computadores, está no Japão. O suspeito é conhecido apenas pelo codinome “Mestre Marionete”.Durante a investigação, o Esquadrão descobre que o super “hacker” surgiu como um vírus de computador fabricado pelo próprio Ministério, como parte de uma operação internacional fraudulenta, antes de se alastrar e ficar fora de controle. Sabendo que esta informação pode ser o seu fim, o Ministério das Relações Exteriores ataca o Esquadrão Shell na esperança de resgatar o Mestre Marionete.