Dois anos após os acontecimentos do jogo Final Fantasy VII, a cidade de Midgar está em ruínas. O mundo ficou numa situação delicada, com as grandes potências destruídas e a civilização debilitada por uma doença mortal que se espalha rapidamente. O herói Cloud agora passa a maior parte do tempo sozinho, tentando lidar com os fantasmas de seu passado. Quando surgem três vilões dotados de poderes sobre-humanos, Cloud terá de superar sua tragédia pessoal para enfrentá-los, voltando a ser o herói que o povo e seus amigos necessitam.