O filme está centrado na Organização Negra. Conan precisa resolver um caso: inúmeras mortes estão ocorrendo em vários lugares diferentes, porém, sempre com uma coisa em comum: os mortos carregam uma peça do jogo Shogi com um dos símbolos pintado em vermelho. Todos os detectives da região se reúnem em Tóquio para resolver esse grande mistério. Ao mesmo tempo, Conan está perseguindo – como sempre – a Organização negra, ainda mais quando descobre que, no meio dos policiais, há um integrante da Organização disfarçado.