Depois de ir acampar, os Jovens Detetives se encontram com Mouri Kogorou nas Torres Gêmeas de Nishitama, neste meio tempo os homens da Organização estão agindo perto de lá. Haibara Ai começa a agir estranhamente, a Organização está em seu encalço ou ela pretende voltar para a Organização?