Num cenário identico ao Japão do século 19, a população mundial foi arruinada por vários furacões. Logos, um grupo que se apodera das zonas mais ricas em recursos do Japão, exerce controlo sobre os Levinas, classe pobre. Estes formam entre si um grupo para derrotar o Logos. O anime foca-se na fuga de Jo, Jin e Sana do grupo militar Phantom, usado pelo Logos para controlas o Levinas, e nos seus planos para evitarem ser novamente apanhados.