Vindo de um planeta vermelho, uma raça alienígena chamada “Nightfly O’Note” invade constantemente a Terra através de um portal, causando sempre grande destruição. Para enfrenta-los, é estabelecida a agência Ryuukyuu LAG nas ilhas de Ishigaki e Iriomote, onde a jovem pesquisadora de 17 anos Akira Asagi trabalha liderando um grupo de combate, denominado “IS”, que é composto por seis rapazes. Também chamada de “Scared Rider Xechs”, ela é a sexta unidade especial a ser formada após a quinta ser aniquilada pelo inimigo quatro anos atrás, e conforme lutam contra os Nightfly O’Note a protagonista Akira irá aprofundar a relação com cada um de seus integrantes.