Chizuru e os sobreviventes da Shinsengumi fogem para Kyushu para se juntarem aos últimos resistentes à restauração Meiji.Hijikata é nomeado ministro da Guerra da república de Ezo-sim,houve uma república no Japão…-apoiada pela França republicana e que provoca a chamada Guerra de Boshin que foi a guerra que antecedeu a famosa restauração Meiji,a ponta de lança do Japão moderno de hoje.Enquanto estes eventos envolvem a Shinsengumi,Kazama e companhia continuam a perseguir e tentar sequestrar Chizuru.(2ªtemporada)