Em Genshiken 2, não é introduzido nenhum membro novo ao grupo porém há 2 personagens novas: as otomes americanas Angela e Suzana (também conhecida como Sue) que são amigas que a Ohno fez quando morou nos EUA e que vão para Japão conhecer o país, o Genshiken e o evento Comic Fest. Alguns membros do Genshiken se formam e passam a freqüentar menos o clube e além disso, há um maior aprofundamento na relação dos casais da série. E o projeto de um doujinshi proposto por Sasahara no fim de Genshiken 1 é concluído pela união dele, Ogiue (que depois passa a fazer alguns doujinshis sozinha) e Kugayama! Uma coisa interessante é que a Ogiue que no início dizia odiar otakus, aos poucos, vai mostrando que também é uma otaku e que apenas tem vergonha de admitir isso.