Banagher Links é o protagonista da história juntamente com Audrey Burne, uma garota que diz ter a “chave” para acabar com a guerra que existe entre humanos e spacenoids. A história passa-se 3 anos após os eventos de “Char’s Counterattack” e a ação começa quando está para acontecer uma reunião onde se tratará o futuro da Caixa de Laplace. Uma organização conhecida como “Sleeved” acredita que o curso da história da humanidade foi alterado devido a um objeto, e eles lutam por esse mesmo motivo. Em busca de retornar o “Universal century” ao seu curso natural, uma fundação conhecida como “The vist foudation” investe pesado na criação de uma super arma, que apenas aqueles que tem o “poder especial” podem usá-la. Quando a colônia onde Audrey Burne está é atacada, Banagher Links não tem outra opção a não ser colocar a mão e controlar essa super arma, a fim de salvar a sua “nova amiga”.