A história se passa 300 anos após um grande conflito ocorrido entre a Terra e Marte que ficou conhecido como “Guerra da Calamidade”. Líder de um movimento popular marciano, Kudelia Aina Bernstein parte em uma viagem para a Terra com o intuito de negociar a independência de Chryse, cidade localizada em Marte que se encontra nas mãos corruptas de governantes terráqueos. Por sua vez, os protagonistas Mikazuki Augus e Orga Itsuka são funcionários da CGS, empresa de segurança privada que é responsável em escoltar Kudelia. Durante essa viagem eles são atacados pelo grupo militar Gjallarhorn; abandonados pelos seus superiores que os usam como isca para fugirem, o líder do pelotão de garotos Orga aproveita a chance para aplicar um golpe na CGS. Ele ordena que Mikazuki rechace os ataques de Gjallarhorn, e para isso o rapaz usa uma velha máquina do período de guerra chamado Gundam Barbatos, um mecha capaz de roubar armas, armaduras e outras partes de mechas inimigos para se tornar mais forte.
