Teppei Takamiya, um jovem capataz de uma fazenda localizada na ilha Kamui, ao norte do Japão. Seu irmão mais velho, Katarou Takamiya, deixou o Japão para estudar robotica na Alemanha e se tornou um dos mais importantes cientistas do mundo. Cinco anos mais tarde, os dois irmãos se reunem em uma feira de robotica em Mechatopia, na china, onde Kotarou anuncia ao mundo sua maior e mais impresionante descoberta na área de intelignecia artificial. Durante a convensão Kotarou se torna refén do impiedoso império máquina(império das maquinas), e é levado pra “A Área”, a base secreta do império máquina, que se oculta nas tempestades de areia do inospito deserto de Gobi.