A história de “Soushin Shoujo Matoi” ocorre em pleno 2016, onde conhecemos Matoi Sumeragi, uma garota que trabalha meio período como sacerdotisa no Santuário Tenman na cidade de Kamaya; e Yuma Kusanagi, amiga de Matoi que faz parte da família de sacerdotes xintoístas do templo, e que é a próxima na linha de sucessão para se tornar sacerdotisa chefe. Num dia qualquer, ao voltarem da escola para o trabalho como de costume, as duas flagram o terreno do templo seriamente danificado e os pais de Yuma caídos e feridos. Um homem fora de si parece ser o culpado, porém, quando Yuma tenta realizar um ritual de possessão divina, algo dá errado e a divindade acaba entrando no corpo de Matoi. Agora essa jovem, que antes só queria levar uma vida normal, precisará usar seus poderes recém obtidos para exorcizar espíritos.