Tazuna é um estudante colegial de Osaka que adora fuçar em máquinas. Um dia, ele recebe um pedido de conserto do laboratório da universidade. Ele aceita o pedido e acaba conhecendo uma garota chamada Koyori, que está de cama há bastante tempo. Guiado por algo desconhecido, Tazuna toca a ponta do dedo de Koyori, e juntos eles criam uma arma chamada “Nimrod”. Após criar Nimrod, Tazuna ouve uma voz: “Vocês, que superam várias batalhas e obstáculos… Vocês, que tiveram uma revelação e desejam enfrentar a Mim… Vocês são Hand Shakers.” Subitamente, Tazuna e Koyori são levados a um mundo completamente diferente chamado Ziggurat. Nesse mundo, existem os Hand Shakers, duplas capazes de criar Nimrod ao tocar suas mãos. Todos eles almejam derrotar outros Hand Shakers para conseguir uma audiência com Deus, que lhes concederá desejos. Enquanto Tazuna tenta compreender o novo mundo diante deles, ele e Koyori são atacados por um oponente desconhecido. Proteja com suas próprias mãos!