Em uma sociedade subterrânea feita pelo homem, descendentes de uma geração banido disputam o controle da cidade em ruínas de Lux. Ichise, um órfão virou prêmio lutador, perde uma perna e um braço para satisfazer um promotor de luta enfurecido. À beira da morte, ele é levado por um jovem médico mulher e usado como cobaia para a próxima evolução da Texhnolyze. Com as novas pernas, Ichise é tomado sob a asa de Oonishi, um poderoso líder do Órgão, uma organização com algum poder sobre Lux. Como Ichise é desenhado mais profundo em uma guerra pelo controle territorial da cidade, ele aprende de seu possível futuro do jovem Ran profeta menina, que orienta-lo das sombras em seus momentos mais sombrios. Com a explosão da guerra, Ichise deve descobrir a verdade sobre Lux e lutar por sua sobrevivência como ele percebe que seu destino.
