Este mundo passou por muitas Dusks, e está se aproximando lentamente de seu fim. Dentro deste mundo, nos confins ocidentais da "Terra de Crepúsculo," houve uma nação que prosperou graças ao uso da alquimia. Lá, a fim de sobreviver à eventual chegada do "crepúsculo End," o povo dedicou seus esforços redescobrir e recriar tecnologias alquímicos perdidos. Tecnologia Redescoberta da época passada foi recolhida na cidade investigação alquimia conhecido como "Central", onde a pesquisa foi realizada em como deter o avanço do crepúsculo. Um dos heróis é um jovem que pesquisou a alquimia em Central, o outro um garota que vive em uma pequena cidade na fronteira. Nome desta menina é Escha. No processo de usar seu conhecimento da antiga alquimia para ajudar os outros, ela foi designada para o Departamento de Desenvolvimento. O nome do jovem é Logy. Tendo aprendido as mais recentes técnicas alquímicas em Central, solicitou uma transferência para esta cidade pouco pessoal para fazer uso de suas habilidades, e atende Escha quando ele é designado para o Departamento de Desenvolvimento também. Os dois fazem uma promessa de usar a sua alquimia juntos, e trazer sucesso para o Departamento de Desenvolvimento.