Um dia, quando estava procurando por insetos no bosque de Sakura New Town (baseada na cidade japonesa Tsukuba), um garoto chamado Keita Amano (conhecido como Nathan Adams no Ocidente) se depara com uma peculiar máquina de cápsula ao lado de uma árvore sagrada. Quando ele abre uma das cápsulas, aparece um Yo-Kai chamado Whisper, que dá a Keita um dispositivo conhecido como Yo-Kai Watch. Utilizando isto, Keita é capaz de identificar e ver diferentes tipos de Yo-Kai que estão assombrando as pessoas e causando prejuízos. Acompanhados pelo gato Yo-Kai Jibanyan, Keita e Whisper começam a fazer amigos com todos os tipos de Yo-Kai, os que ele poderá convocar para lutar contra os Yo-Kai mal-intencionados que habitam a sua cidade, assombrando os moradores e causando problemas terríveis.
