Tsukune Aono, um garoto comum, não pôde entrar para o ensino médio devido às más notas na escola. Porém, seu pai, durante uma caminhada, vê um homem (por ele descrito como um sacerdote) deixar cair um documento. Ao pegá-lo, viu que se tratava de uma carta-convite ao portador para ingressar numa escola de ensino médio, a Youkai Gakuen. Sem dar ou pedir satisfações ao homem, leva o folheto para casa e o apresenta à esposa e ao filho como sendo a solução para o problema de Tsukune. Entretanto, a Youkai Gakuen é um internato para youkais, onde além dos conteúdos curriculares tradicionais os alunos são preparados para coexistir com os humanos e assim conseguirem sobreviver num mundo hoje dominado por estes últimos. Certo de que entrou ali por engano e temendo por sua vida, Tsukune tenta fugir da escola, mas decide ficar por se apaixonar por Moka Akashiya, uma bela vampira que também estuda ali. Ele decide permanecer, escondendo a sua natureza humana de alunos e professores. Ele também descobre que, quando o rosário em torno do pescoço de Moka é removido, a sua verdadeira natureza emerge.