O colegial Yuu e seu amigo Haru se envolvem em um caso envolvendo sua amiga de infância Kotona, o que os obriga a viajar entre a realidade e o "outro mundo" que é diferente mas com algumas semelhanças, o Ni no Kuni. Quando a vida de Kotona está em perigo tando no mundo real quanto em Ni no Kuni, os três amigos devem fazer "a escolha final".