Sheeta é uma jovem que foi sequestrada por agentes do governo que procuram seu misterioso amuleto de cristal. Ela conhece Pazu, um menino que sonha em alcançar o lendário castelo voador, Laputa. Os dois decidem embarcar em uma viagem juntos para descobrir este castelo no céu. No entanto, eles logo encontram os agentes do governo, que também estão atrás do castelo.