A história começa com Yggdrasil, um popular jogo online que um dia será discretamente desativado, no entanto, o protagonista Momonga decide não sair. Momonga é então transformado na imagem de um esqueleto conhecido como “o Bruxo mais poderoso”. O mundo continua a mudar, com personagens não-jogadores (NPCs) começaram a ter emoções. Não tendo parentes, amigos ou lugar na sociedade, o jovem Momonga então se esforça para assumir o novo mundo que o jogo se tornou.
