Países de todo o mundo formaram uma aliança para enfrentar o emergente inimigo da humanidade "Neuroi", a quem apenas meninas com poderes especiais poderiam combater. No entanto, o Neuroi nunca apareceu. Em vez de lutar, as bruxas passam seus dias preguiçosamente. Desta vez seguindo não apenas a unidade 501, mas também a unidade 502 conhecida como "Brave Witches!"
