Em um novo dia na região de Kanto, Satoshi é convidado pelo Professor Yukinari Ookido para a cerimônia de inauguração do laboratório do Professor Sakuragi em Vermillion City. Durante o discurso cerimonial, o professor Sakuragi recebe um alerta de um Pokémon possivelmente raro aparecendo no porto de Vermillion City, levando Satoshi e os outros treinadores a correr para a área na esperança de encontrar o Pokémon misterioso. No porto, eles encontram Lugia – um Pokémon Lendário – em combate com outros treinadores.
