A história do novo filme se passa na floresta de Okoya, um paraíso Pokémon protegido por regras rígidas que proíbem estranhos de entrarem. O filme é centrado em Koko, um menino que foi criado por Pokémon e também se considera um, tratando o Pokémon Mítico Zarude como seu pai. Ash e Pikachu encontram Koko durante uma aventura. O filme enfoca o tema de um "humano criado por Pokémon", em vez do foco dos filmes anteriores do "vínculo entre um treinador humano e seu Pokémon".