Desencadeando um ataque surpresa devastador, ninjas voadores da Terra do Céu buscam vingança contra seu antigo inimigo Konohagakure. Apesar de sua ânsia de se juntar à luta, Naruto Uzumaki é detido por Shinnou, um misterioso médico que precisa de sua ajuda para salvar uma pessoa ferida. Ao entregar o homem ferido ao hospital, Naruto tem um encontro inesperado com Amaru & mdash; um jovem tempestuoso de uma vila vizinha procurando desesperadamente pela ajuda de Shinnou.

Enquanto isso, enquanto os invasores se retiram para restaurar suas forças, Tsunade aproveita a oportunidade para despachar uma pequena equipe incluindo Sai, Shikamaru Nara e Kakashi Hatake para derrubar sua base. Simultaneamente, ela comissiona Naruto, Sakura Haruno e Hinata Hyuuga para acompanhar Shinnou e Amaru em sua jornada. Durante este tempo, no entanto, Orochimaru tem seus próprios esquemas: ele ordena que Sasuke Uchiha traga para ele o médico especializado na técnica de reencarnação.

Enquanto o grupo de escolta acidentalmente descobre a verdade sinistra por trás dos ataques, planos tumultuosos são colocados em movimento. Mas mesmo quando confrontado com uma reunião imprevista, Naruto não vacila em seu esforço para acabar com a guerra e seus efeitos desastrosos.