Depois que seus pais morreram, Shinpei Ajiro viveu com as irmãs Kofune, Mio e Ushio, mas desde então ele se mudou para morar sozinho em Tóquio. Mas depois que Ushio se afoga enquanto tenta salvar a jovem Shiori Kobayakawa, ele volta para casa para lamentar sua partida. No entanto, hematomas no pescoço de Ushio questionam a causa de sua morte.
Dando um passo para trás, Shinpei se convence de que deve haver outra explicação. Entidades perigosas vagam entre os ilhéus, e uma visão do falecido Ushio pede que ele salve Mio como seu pedido final. Ele tem certeza de que algo está acontecendo e a morte de Ushio é apenas uma peça do quebra-cabeça.
Com a ajuda de Mio e vários outros, Shinpei luta para forjar um futuro no qual ele, seus amigos e familiares possam permanecer vivos. Mas quanto mais ele investiga, mais impossível esse futuro parece. Essa escuridão se infiltra em sua ilha natal. Quanto mais sofrimento ele passará antes de encontrar o caminho certo para salvar tudo?
