Situado em um futuro distópico onde a cultura otaku no Japão foi obliterada por uma misteriosa organização conhecida como "SSC", Magical Girl Destroyers segue as desventuras de Otaku Hero - um jovem revolucionário que ama a cultura otaku - e Anarchy, Blue e Pink, um trio de garotas mágicas que o admiram. Juntos, eles lutam para criar "um mundo onde você pode dizer o que quiser sobre o que quiser, tanto quanto quiser.
