Ryza no Atelier segue a história de Stout Reisalin, uma garota que vive na Ilha Kurken em busca de aventura. Ela descobre um barco a remo abandonado em um dia de verão e parte para o continente com seus amigos Marslink Lent e Mongarten Tao. Ao longo do caminho, Ryza conhece o alquimista Vollmer Empel e seu companheiro Decyrus Lila, que a coloca no caminho do aprendizado da alquimia e suas aventuras entrelaçadas, e ela logo descobre a verdade sobre sua casa.
