Um solitário do ensino médio recebe o emprego de meio período de sua vida como um ninja moderno encarregado de realizar assassinatos internacionais. Após a Segunda Guerra Mundial, o Comando Aliado no Japão desenvolveu uma nova agência para ajudar a gerir o terrorismo e a violência na região do Pacífico. A agência contava com ninjas e eles foram inicialmente encarregados de cuidar dos assuntos domésticos. Eventualmente, esse programa cresceu até a sua forma atual, gerenciando 20.000 ninjas em uma série de assuntos nacionais e internacionais. Um desses ninjas é Kudo. O perdedor do ensino médio de dezessete anos está agora preparado para ser a próxima linha de defesa contra um possível aumento de assassinos estrangeiros invadindo Tóquio.