Três estudantes do ensino médio — a impetuosa Hikaru Shidou, a altiva Umi Ryuuzaki e a gentil Fuu Hououji — acabaram de se encontrar na Torre de Tóquio quando ouvem um pedido de socorro que as transporta para outro mundo. Elas logo são recebidas pelo Mestre Clef, um homem de aparência jovem que lhes revela serem as lendárias Guerreiras Mágicas, convocadas pela Princesa Emeraude para salvar a terra mágica de Cephiro. Enquanto Hikaru acha a perspectiva empolgante, Umi e Fuu querem apenas voltar para o seu próprio mundo. Infelizmente para elas, Clef explica que não podem retornar para casa até salvarem Cephiro e banirem os monstros que assolam a terra. Para isso, precisam resgatar a Princesa Emeraude das garras do poderoso Lorde Zagato. Para terem alguma chance contra ele, devem despertar seres misteriosos conhecidos como Deuses-Runa. Enquanto Clef concede armaduras e poderes mágicos ao trio, um dos servos de Zagato ataca, forçando o mestre a enviar as garotas até a ferreira Presea e ao guia Mokona — uma criatura semelhante a um coelho —, que poderão equipá-las melhor para a jornada. Apesar do longo caminho pela frente, Hikaru, Umi e Fuu provarão que têm o necessário para honrar seus títulos de Guerreiras Mágicas e trazer a salvação a Cephiro.