Ano 2055, quatro anos após os acontecimentos de LBXs Danball Senki W. tornaram-se o maior passatempo do mundo, grande o suficiente para ligas profissionais a serem estabelecidas, e as pessoas ganham a vida sendo um jogador de LBX. Arata de 14 anos de idade é uma estudante transferência de Kamui Daimon Integrada Academia de Kamui Island, perto do Japão. Conhecido por ser a instituição mais prestigiada do mundo para a criação de jogadores LBX e mecânicos, entrada para a academia requer um obstáculo extremamente competitivo de ser o campeão de pelo menos três torneios oficiais. Junto com outros membros de seu pelotão, eles enfrentam os rivais e se aprofundar nos segredos ocultos dentro da academia.
