2356 A.D. ? 189 anos após uma explosão de uma supernova, cuja gigantesca onda eletromagnética, atingiu a Terra, resultando numa catástrofe nunca antes vista. Para proteger a Terra dos efeitos dessa explosão ? detritos cósmicos e energia remanescente da explosão, entre outros ? Estações Espaciais foram criadas, elas são chamadas de de "Fundações". A história gira em torno de Shima Katase, que embarca rumo à Fundação Stellvia, uma Fundação baseada na Terra, como uma estudante. Ela esta lá para realizar seu sonho de ver a galáxia e se tornar "alguém".
