Yagi Takeru tem vivido na casa da família Touma desde que seus pais se foram. Ele foi criado por Touma Rokunosuke, o chefe da casa. Ele é cercado por muitas pessoas, como Takeshi Yamato, seu melhor amigo- cum-rival do clube de kendo, as irmãs Shiratori, Kotono e Asuka, e seu amigo de infância, Oosu Seri. A vida tem sido feliz até que um dia, um terremoto atinge a escola e tudo muda. Takeru desperta para descobrir que a escola parece como se ele foi abandonado por séculos e reduzido a ruínas. Ele também percebeu que todos os professores e alunos desapareceram também. Ele se encontra com Seri e Asuka e fugiu das ruínas, apenas para perceber que a cidade que costumava viver em está completamente vazio. Posteriormente, as pessoas envoltas em capas aparecem diante dele. Eles foram informados de que eles foram levados a um outro mundo.