Continuação de Soukyuu no Fafner: Dead Aggressor, se passa dois anos após o filme Heaven and Earth. No século 22, jovens da ilha Tatsumiya vivem normalmente sem conhecer a verdadeira situação do resto do mundo e de seus habitantes, um mundo destruído em que sua população fora reduzida para menos de 2/3 de seu total. Festums, o nome dado aos inimigos, não são seres fáceis de se compreender, estão para além do humano. Através do fenômeno da assimilação, sua intenção é retornar toda existência ao estado primordial: o vácuo, o vazio, o nada, a não-existência. Esse foi o caminho que eles escolheram, mas a humanidade, assim como todo ser pode fazer, escolheu outro caminho: o estar aí (Anata wa soko ni imasuka?). Para se defender da força poderosa da Mir inimiga, os habitantes...