School Rumble Ni Gakki continua exatamente de onde parou a primeira temporada: Harima continua apaixonado por Tenma, porém não consegue se confessar graças aos obstáculos que surgem toda vez que tenta. Enquanto isso, Tenma continua gostando de Karasuma, e vai cada vez mais interagindo com ele (apesar de a aparição dele ser menor na segunda temporada). Para complicar a situação, a turma 2-D desafia novamente a turma 2-C, enquanto um rumor de que Harima e Yakumo estão se encontrando circula, ao mesmo tempo em que a escola se prepara para o festival cultural. Harima continua com seu mangá, e Yakumo o ajuda. Aparentemente, sentimentos afetivos começam a surgir de Yakumo por Harima, mas descobre o que ele sente por Tenma. A relação de Harima e Eri começa a crescer também, enquanto outros casais começam a se formar na escola. Os sentimentos dos personagens começa a ser mais explorado na segunda temporada, além de Harima se enturmar mais com seus colegas de classe, perdendo aos poucos a imagem de delinqüente que estava tentando apagar.
