A história se passa em 2138, ano em que um popular jogo online de realidade virtual, chamado Yggdrasil, está prestes a encerrar suas atividades. Líder de uma guilda que no seu auge foi uma das melhores do jogo, Momonga decide ficar logado até o último minuto do último dia; porém, ao dar o horário previsto para o encerramento de Yggdrasil, Momonga não é desconectado do servidor e logo presencia alguns eventos estranhos diante de si, como NPCs agindo por conta própria e expressando sentimentos, além de ele próprio estar realmente no corpo de seu personagem, um esqueleto feiticeiro. Como não tem família, amigos ou lugar na sociedade real, o jovem Momonga precisa lutar para dominar o novo mundo que o jogo se tornou.